Según estudios realizados en cuanto a las características de los suelos de Petén, éstos son de vocación forestal, sin embargo en el municipio de San Luis existen zonas de uso agrícola caracterizados por un alto rendimiento en cuanto a la producción. Lo micro región hacia Machaquilaito caracterizada por tierras bajas y húmedas son aptas para la producción de arroz, las tierras altas de la micro región de Nacimiento Ixbobó, y Cansís son áreas productoras de fríjol y maíz. Estos suelos aptos para la agricultura podemos encontrarlos a orillas de los ríos: Nacimiento Ixbobó, Nacimiento Cansis y río Machaquilaito. No obstante hay producción agrícola aún no se cuenta con investigación detallada algunos cultivos que podrían ser más rentables en éstos suelos debido a la carencia de un laboratorio de suelos. Esta información sería importante para orientar las inversiones agrícolas hacia productos de mejor calidad y adaptables a cada tipo de suelo existente en el área. San Luis, fue uno de los primeros municipios del departamento de Petén que fueron colonizados por su ubicación geográfica con respecto a otros departamentos de la república.

La cobertura forestal entre los años 1,960 y 1,975 fue reemplazada por grandes áreas agrícolas y posteriormente hacia la ganadería extensiva. Existen áreas con cobertura forestal pero que en los últimos años han sido explotadas con el objetivo de convertirlas en zonas cultivables por lo cual la frontera agrícola en el municipio a avanzado a gran escala. Actualmente el municipio de San Luis y Poptún comparten las Áreas Protegidas del Sur de Petén. Aquí podemos encontrar parte del Complejo IV Refugio de Vida Silvestre Machaquilá-Xutilhá, con una extensión 120,694.07 hectáreas de el cual se extiende hacia el sur del municipio. Recientemente han dado inicio proyectos de reforestación en grandes extensiones dentro de la jurisdicción municipal incentivados por el Instituto Nacional de Bosques INAB-, a los cuales la población ha respondido positivamente, planificando actividades de manejo forestal en los años futuros.

En los últimos años la extensión de tierra dedicada a la crianza de ganado se ha incrementado. Esto derivado probablemente al bajo precio a que agricultores comercializan el producto de las cosechas. las fuentes de agua constituyen factor indispensable para la ganadería y las micro regiones de Chacté hacia la línea de adyacencia con Belice y los bajos de Machaquilaito que son tierras colindantes con Alta Verapaz son productoras de éste recurso.

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La crianza doméstica incluye, especialmente en el área rural, la porcinocultura y la avicultura. Los puercos, de raza criolla, se crían en pequelas cantidades (8 por finca en promedio en 1979; 3.5 según el PDI en 1990), en crianza suelta, con aportes de desperdicios de cocina, de cultivos y libre pastoreo. Esta crianza reviste particular importancia para los agricultores Kekchíes. En 1979 el municipio de San Luis concentraba el 47% del hato procino de Petén, con 13 cabezas en promedio por finca. La avicultura es también una actividad familiar donde las aves se crían sueltas. En 1979 se registró un promedio de 31 gallinas por familia. Según la Encuesta socio-demográfica del PDI, en 1990, la casi totalidad de las familias mantienen aves, con excepción de algunas áreas forestales, por la abundancia de carnívoros.

La Agricultura de subsistencia es la base de la economía de la mayor parte de la población de San Luis, pues los campesinos siguen utilizando métodos primitivos para el cultivo del maíz y del frijol, ya que por la topografía del terreno no es posible la mecanización. Sin embargo, con la utilización del frijol abono y los abonos químicos los campesinos han logrado mejorar la producción de los granos básicos que mantienen el mercado local y de la ciudad capital. No se tiene un dato estimado de la producción de maíz, frijol, tomate, arroz y otros productos que se cultivan en el municipio.

La Ganadería : es el sector fuerte de la economía del municipio, numerosas fincas o haciendas de ganadería mantienen la producción de carne en el mercado local y la ciudad capital, además existe la crianza de ganado equino, porcino y aviar. No existe una estadística que indique la producción de éstas especies.

Con respecto a la Industria , existen dos talleres de carpintería dedicada a la industrialización de madera y exportación de los muebles de alta calidad a diferentes regiones del país. La producción no formal se complementa con 7 talleres de mecánica automotriz y artesanía en hierro forjado.