El nombre del municipio proviene de la expresión kaqchikel «chi royal xot» que significa «junto a la fuente de los comales» o «junto a la fuente de los discos de barro». Tras la conquista, los indígenas nahuatles que acompañaban a los conquistadores lo llamaron de acuerdo a su propia lengua. Así comenzó a llamarse «Comalapa» de «comal», disco de barro, y «apa», lugar, o sea «lugar de los comales» o «lugar de los discos de barro».

En la época colonial, los indígenas se concentraron en comunidades a donde llegaron catequistas y sacerdotes católicos a propagar su religión. Éstos pusieron al pueblo bajo la protección de San Juan Bautista y por eso se designó definitivamente como San Juan Comalapa.

Tras la independencia se decreta la Constitución Política de la República el 11 de octubre de 1825 y en ella se organiza el territorio en once distritos y varios circuitos. En el Distrito Octavo correspondiente a Sacatepéquez aparece San Juan Comalapa como cabecera de distrito.

Posteriormente, al ser creado el departsamento de Chimaltenango por Decreto de la Aamblea Constituyente de 12 de septiembre de 1839, el municipio de San Juan Comalapa entra a formar parte de dicho departamento, al cual pertenece hasta la fecha.

Por ser cuna de grandes artistas, entre los que destacan Rafael Álvarez Ovalle, autor de la música del Himno Nacional, y el pintor Andrés Curruchiche, a San Juan Comalapa se la denomina "Florencia de América".