El nombre de San José El Idolo se originó debido a que los españoles trajeron una imagen a la Iglesia Católica del padre adoptivo de Jesucristo y en su honor le quedó ese nombre. El complemento del mismo nombre actual se deriva de la circunstancias de que en el lugar encontraron muchas piedras en forma de ídolo y que antes de que fuera elevado a la categoría de municipio fue aldea de San Antonio Suchitepéquez con el nombre de “Las Flores” o “El Idolo”.

San José el Idolo data de muchos años siendo tal vez uno de los primeros municipios que posiblemente se poblaron en el Departamento de Suchitepéquez, se fundó en virtud del acuerdo del 8 de febrero de 1,867 por el Gobierno de Don Vicente Cerna fecha que señalaron para elevarlo a la categoría de municipio.