Por acuerdo gobernativo del 16 de Diciembre de 1886 se suprimió la Municipalidad Indígena y se eligió una mixta de la que un alcalde, un regidor, un síndico, y el secretario deberían ser ladinos. Al tenor del acuerdo Gubernativo y del 1 de Diciembre de 1909 “El Presidente constitucional de la República – ACUERDA que para el mejor servicio se suprima la municipalidad de Malacatán en el juzgado municipal, de conformidad con la ley respectiva. El jefe político de aquel departamento dictara sus órdenes a fin de cumplir esta disposición. Comuníquese “. No se tiene la fecha localizado en el acuerdo volvió a erigirla, pero se menciona que en el del 18 de octubre de 1902 de inserta el titulo de terreno municipal. La cabecera fue elevada a categoría de Ciudad por acuerdo Gubernativo del 26 de junio de 1952, tomando en consideración su creciente importancia. La principal producción agrícola son las fincas de café, en pequeña escala ha habido fábricas de capas de hule y de pelotas.

Fuentes y Guzmán escribió en su recordación florida en el año de 1690 que en poblado, de la visita de la orden con mercadería y perteneciente a la parroquia de San Pedro Sacatepéquez corregimiento de Quetzaltenango, del que se supone extinguido Pueblo de San Juan Agazapa. Al Pueblo de Santa Lucia Malacatán se hace jornada, a un que breve de 4 lenguas, pero molesto y peligroso por ser su tránsito compuesto de pedregal impertinente y desigual, con gran trabajo y maltrato de las cabalgaduras, y que se pone al paso de su vía un río peligroso en todo el tiempo. E temperamento de este lugar aún es más nocivo e intolerable que el de los advertidos, por que es con más calor y de humedad, con que se hace menos grata la residencia de su vivienda.

Su trato el del cacao únicamente. Son sus familias dieciséis y por el producto de semejante vecindad setenta y cuatro el número de habitadores. Su iglesia Parroquial pobre y estrecha no hace ventajas a las que hemos referido. Desde este lugar de Santa Lucia Malacatán se deshace el viaje por la propia senda que hemos descrito hasta el de la cabecera, para poder visitar otros lugares que yacen situados a diferente rumbo, sin que se pueda cortar por cordilleras y barrancos hipertransitables.

En cumplimiento de la real cédula fechada en San Idelfonso del 26 de Junio de 1763, don Gregorio Lazaurzabal y hanssola escribió desde Quetzaltenango el 4 de Noviembre de 1765 sobre el corregimiento de Quetzaltenango. Se refirió a San Pedro Sacatepéquez, así como a otros pueblos que dependían del mismo: “Tocan también a esta administración de San Pedro Sacatepéquez cuatro pueblecillo que al más es San Cristóbal Cuchu, en tierra fría, que reciben los repartimientos ya dichos Hilados, trigos, carneros, lanas, azadones, naguas, y cardas y los otros son Santa Lucia Malacatán, hacia la provincia de soconusco y San Pablo lo mismo. Dista de la cabecera 28 leguas y el segundo 24, ambos tendrán como 8 familias tierra caliente y los mismo el ultimo de los citados, el que tendrá de 5 a 6 familias y se nombra Coatepeque, reciben su repartimiento azadones y nagua. Todos 3 distan de la cabecera este ultimo 20 leguas. Y sus siembras son de algodón, chile, cacao, y frutas. Dicho San Cristóbal Cuchu esta distante de dicha cabecera de 18 leguas.

En su descripción geográfica moral de la Diócesis de Guatemala que visito de 1768, a 1770, el arzobispo Dr. Don Pedro Cortes y Larraz anotó que visito Santa Lucia Malacatán en 1777. Tenían 7 familias con 24 personas distantes 7 leguas de la cabecera de la Parroquia de San Pedro Sacatepéquez, dentro de la administración mercadería. Agrego que el cura indico que en su parroquia “No a notado ésca dolos ni abusos, solo si en los vicios ha notado algunos robos y el mas notado es el de la lasciva “. Las cosechas era maíz y trigo en mucha abundancia habiendo también ganado, tanto mayor como menor “se cogen frijoles y en muchos pueblos mucho Chile y algo de cacao. El idioma de los indios es el Mam “

En la descripción Corográfica de la provincia de Quetzaltenango escrita por don Joseph Domingo Hidalgo publicada el lunes 14 de Agosto de 1797 en la Gaceta de Guatemala se lee “Santa Lucia Malacatán dista 2 leguas del anterior (San Pablo) al sur este, temperamento caliente, pueblo atenuado, que solo tiene 8 tributarios y como 20 individuos sin comercio alguno mas que sembrar maíz para mantenerse.

El archivo genera! de Centroamérica publicó un documento según e! cual, perteneciente al curato de San Pedro Sacatepéquez en el corregimiento de Quetzaltenango, los poblados de San Pablo y Santa Lucía Malacatán (hoy Malacatán), figuran en el '''Estado de curatos de arzobispados de Guatemala del real tribunal y audiencia de la contaduría de cuentas del 8 de Julio de 1,806" conjuntamente con 13 tributarios no se indico el total de habitantes.

Al decretar la asamblea legislativa la constitución política del Estado de Guatemala por Decreto del 11 de octubre de 1.825 también declaró los pueblos que comprendía el estado, entre los cuales se menciono a Santa Lucia Malacatán por decreto de la Asamblea del 27 de agosto de 1,836, para la administración de justicia conforme el citado por Pineda Mont. En su recopilación de leyes, Santa Lucia Malacatán aparece perteneciente a San Marcos o el Barrio.

En el año 1,670 por orden del Jefe Político de la Corte Territorial de Justicia Superior del Estado de Guatemal, Doctor y Abogado Alejandro Díaz Cabeza de Vaca, se fundó Malacatán. Según el Código de Livingstone, decretado el 27 de agosto de 1,838, que dispuso que la administración de justicia or el Sistema de Jurado fuera adscrito al círculo de Barrio de Quetzaltenango, conforme la Ley 4ta. De la Constitución Política del Estado de Guatemala, de fecha 11 de octubre de 1,825 , fu7e ascendido a Municipio con el nombre de Santa Lucía Malacatán, en advocación a la Virgen Mártir de los ciegos y modistillas.

Posterioemente ue elevada a Villa en el año de 1,925 y de ésta a Ciudad por Acuerdo Gubernativo del 26 de junio de 1,952, durante la gestión presidencial del coronel Jacobo Arbenz Guzmán y por gestiones del entonces Diputdo al Congreso de la República, por el departamento de San Marcos, Don Amor Velasco de León, ya fallecido.

Por acuerdo gubernativo del 24 de noviembre de 1922, se suministraron fondos para que la municipalidad proceda a la producción de agua potable, el acuerdo gubernativo del 28 de diciembre de 1,922 dispone lo relativo a la cañería para ese fin, mientras que el del 25 de febrero de 1927 indica que de los fondos provenientes del arbitrio sobre aguardiente, se invierta una suma para la introducción de agua potable. El 26 de marzo de 1927 dispuso que fuese de los fondos de ornato que tenía la municipalidad y el del 2 de noviembre cíe 1.927, derogado por el 28 de ese mismo mes, fijo que fuese de los fondos por el impuesto sobre aguardiente. El acuerdo del 8 de noviembre de 1 927 rectificado en lo relacionado con su cantidad por el del 28 de ese mismo mes dispuso que la tesorería nacional pague a Toepke & Compañía el adeudo de la municipalidad por la cañería suministrada con destino a la introducción de agua. El del 17 de septiembre de 1937 se dio a la municipalidad el caudal de aguas de la vertiente la horqueta de la finca nacional Montelimar.

Conforme al acuerdo gubernativo del 17 de septiembre de 1936 se dispuso que la municipalidad se erogue una suma para la instalación de una planta eléctrica, al tenor de la oferta de la casa Toepke y Compañía.

El 21 de octubre de 1,936 aprobó el respectivo contrato hasta que la citada planta quede completamente montada, el 11 diciembre de 1,936 aprobó la cesión hecha por Federico Hartleben de una laja de su finca. Sonora para la instalación de la planta eléctrica y construcción de la toma que conducirá el agua del río negro, a la planta, el reglamento para la empresa eléctrica municipal se aprobó por acuerdo del 27 de Julio de 1938, el del 21 de Julio de 1,948, autorizó que adquieran una planta eléctrica la tarifa se aprobó por acuerdo del 6 de febrero de 1,951. La cabecera cuenta con servicio de energía eléctrica proporcionada por el sistema regional Santa María. Distrito B, Malacatán del Instituto Nacional de Electrificación INDE. El servicio de energía eléctrica en la zona 2 o sea el Barrio conocido como San Juan de Dios se inauguró el 23 de noviembre de 1,973.
Por acuerdo del 24 de noviembre de 1,893 se dispuso que los terrenos municipales La Libertad y Vega de Cabuz se lotifiquen y repartan a los vecinos, en las condiciones que se especificaron El acuerdo del 22 de Julio de 1,896 adjudicó la municipalidad 200 caballerías de terreno para su lotificación.
El acuerdo del 3 de julio de 1,924 dispuso que la aldea San Jon San Lorenzo se segregue de Malacatán y anexe al municipio de Ayutla. El 28 de Julio de 1.928 segrego de Catarina la aldea Sisiltepéque y la anexo a Malacatán, El acuerdo del 14 de Julio de 1,928 dispuso que las aldeas Sisiltepéque y el Olvido se segreguen de Malacatán y vuelvan a Catarina, mientras que el de! 9 de Octubre de 1,935 dispuso que el Olvido se segregue de Catarina y vuelva a Malacatán.

E acuerdo del 15 de agosto de 1,939 se refiere a la adquisición por el estado del terreno para la aduana en la aldea el Carmen. La empresa guatemalteca de telecomunicaciones GUATEL, según datos de 1,973, tienen en la aldea El Carmen una planta de Conmutadores Manuales telefónicos con capacidad de 5 líneas.

En noviembre de 1,973 se inauguró una terminal de autobuses. Consta de 10 locales para oficinas de autobuses, 2 locales para carga y descarga de taxis, local para administración y una pista de 2.500 mts. el costo ascendió a Q 41,792.98 en punto 3ro. Acta 66 de la sesión del 4 de abril de 1,973, publicado en el diario oficial del 29 de Junio de 1.973 se acordó que todas las empresas de transporte, taxis y similares que operen dentro del municipio, están obligadas a utilizar la terminal las tarifas para vehículos fueron dispuestas en actas 70, sesión del 5 de septiembre de 1,973 publicado del 10 de diciembre de este año.

En febrero de 1,972 quedo constituida la compañía de Bomberos Voluntarios.

Por acuerdo gubernativo del 22 de junio de 1,886 se estableció una oficina telegráfica, la oficina posta fue elevada a segunda categoría por acuerdo del 31 de octubre de 1,911 y por el del 4 de junio de 1949, se abrió al servicio del publico oficinas de primera categoría de correos y telecomunicaciones, en la actualidad funciona una oficina postal y telegráfica de carácter privado “El Correo” La escuela nocturna para artesanos se creo por acuerdo del 24 de noviembre de 1,893, la de música por el del 29 de noviembre de 1,893; el edificio para la escuela pública al tenor del acuerdo del 8 de agosto de 1,928, el del 17 de abril de 1,956 adjudico 2 manzanas de la finca nacional Belén para escuela y campos deportivos, y el 5 de mayo de 1,958 concedió a la municipalidad la posesión de un terreno para bosque escolar. El acuerdo del 17 de febrero de 1,966 del ministro de educación, publicado en el diario oficial el 6 de enero de 1,967 autorizó el funcionamiento del Instituto Privado Nocturno de Educación Básica para impartir el ciclo de educación básica o de cultura general ( del primero al tercer grado ) el 18 de junio de 1,969 se autorizó el funcionamiento de la academia de mecanografía Fray José Aurelio Fernández, anexa al colegio Santa Lucía el traslado a Escuintla de la radiodifusora Radio Malacatán se autorizó por acuerdo gubernativo del 22 de diciembre de 1 ,970 publicado en el diario oficial el 8 de julio de 1,971.

Con el nombre de Santa Lucía Malacatán y perteneciente al circulo San Marcos, el 17vo. Distrito figura en la tabla para elección de diputados a la asamblea constituyente al tenor del decreto 225 del 9 de noviembre de 1,878. En la actualidad Malacatán pertenece al 4to. Distrito electoral.

Conforme a lo publicado con motivo de haberse realizado el 31 de octubre de 1,880 el censo general de población Malacatán pueblo del departamento de San Marcos dista de la cabecera 10 leguas: 687 habitantes el terreno es plano en su mayor parte y fértil, produciendo café, caña de azúcar, zacatón y legumbres. Los naturales se ocupan del cultivo de estos productos, fabrican tela de algodón y lana, exportan cueros curtidos. Existen dos escuelas primarias un correo tres veces cada semana y una oficina telegráfica. Hay que mencionar el puente colgante de 11 varas de largo sobre el río que pasa en la vecindad de esta población.

Según datos de 1,955 en la cabecera vivían 2,225 habitantes, y en todo el municipio 14,807 que componían 3,372 familias, el porcentaje de indígenas era 68.5 y 76.41 de analfabetos. Tenía reducido el servicio de agua potable, en la cabecera había un dispensario del IGGS La enfermedad endémica era el paludismo, poseía planta eléctrica Insuficiente, contaba con una escuela urbana muy reducida, con un mercado pequeño, como industria digna de estimulo se menciono la de capas y pelotas de hule, los cultivos eran café, caña de azúcar y cereales. La municipalidad consideraba como problemas urgentes mejorar la luz eléctrica y el servicio de agua potable.

El edificio municipal se inició a construir en el año 1962 a Junio de 1,966. El primer Alcalde de Malacatán fue el señor Yanuario Díaz y Díaz, originario de Guillén, Estado de Chiapas México.

ALCALDES MUNICIPALES A PARTIR DE 1,944

1. 1,944 Joaquín Velasco R.
2. 1,946 Enrique López H.
3. 1,948 Ernesto García Velasco
4. 1,950 Uchelitt Sánchez Rivadeneira
5. 1,952 Ernesto García Velasco
6. 1,954 Miguel Ángel Barrios
7. 1,956 Enrique López
8. 1,958 José Manuel Rodríguez
9. 1,960 Manuel Sánchez Escobar
10. 1,962 Humberto Bermúdez Cisneros
11. 1,966 Dionisio Eduardo Gutiérrez Fong
12. 1,968 Walter Almengor Álvarez.
13. 1.970 Eduardo Rodríguez Maldonado
14. 1,974 Enrique de Jesús Mérida Argueta
15. 1,978 Carlos Hermosilla Mazariegos
16. 1,982 Gustavo Orellana Fong.
17. 1,986 Bernardo Cha vez Alvarado.
18. 1,990 Rolaman Bernardo Ramírez
19. 1,994 Carlos Eleodoro Pérez
20. 2,000 Eduardo E. De León Reyna
21. 2,004 Héctor Rubén Chávez

SU ETIMOLOGÍA:
El nombre deriva de la lengua Náhuatl. MALACATAN. Huso para hilar (Instrumento primitivo del indígena para elaborar hilos) TLAN: Lugar o proximidad “Lugar Junto a los Malacates”. Según el escritor e historiador Francisco Fuentes y Guzmán MALACATAN deriva de la voz Mam Jiguejal.