La comunidad de Magdalena Milpas altas fue fundada en el año de 1585, recibiendo el nombre de Santa Maria Magdalena de la Real Corona, no existen datos que establezcan realmente quienes fundaron el primer asentamiento humano, aunque se han encontrado vestigios indígenas precolombinos en los Conos de origen Volcánicos de Carmona, el Pilar el Cucurucho, Monterrico y Las Minas

En relación al adjetivo de Milpas Altas se cuenta con dos versiones con respecto a su origen, la primera data del año de 1760, la proporciona Don Francisco Fuentes y Guzmán en su Obra Recordación Florida, en donde citan a este Municipio como el pueblo de las Milpas Altas de acuerdo ha una referencia hecha por el cura y párroco Fraile Agustín Cano.

La segunda versión dice que pocos años después de la independencia, estuvo como jefe de un destacamento militar en un pueblo vecino, un Capitán de Apellido Milpas Altas que se caracterizo como un amigo y benefactor de los pueblos vecinos en su jurisdicción, en honor a esto, los pueblos agregaron este apellido, siendo los pueblos de San Bartola, San Mateo, Santa Lucia, y Magdalena.

También existen otras citas relacionadas al Municipio por Fray Francisco Ximenes en sus Historias de la Provincia de San Vicente de Chiapas y Guatemala y también por el Arzobispo de la Ciudad de Guatemala Dr. Pedro Cortes Y Larraz en el año de 1720.

Magdalena Milpas Altas se constituyo como Municipio el 11 de Octubre de1825 a petición de los pobladores de lo que hoy es la Aldea de San Miguel Milpas Altas y ese mismo año se celebraron las primeras elecciones populares.

La Aldea de San Miguel Milpas Altas se anexo al Municipio por Acuerdo Gubernativo el 14 de Marzo de 1883.

Magdalena Milpas Altas predominantemente es una comunidad agrícola cuyos orígenes datan de la Etnia Maya Cachiquel que a través de los tiempos y con la dominación de los Españoles en la Época de la Colonia, sufrió un mestizaje el cual a sido dominante hasta nuestros días, la cultura tradicional de la Etnia Maya se a perdido en un 80% tanto en la Lengua como en el uso Corte= Traje tradicional aunque se conservan algunas otras costumbres.

Por su cercanía a la Capital de la Republica> 39 Km. <, Magdalena Milpas Altas, se puede considerar como una zona privilegiada en lo que se refiere a las vías y servicios de comunicación, ya que los productos de la canasta básica, materiales de construcción y otros no sufren incremento en sus precios por costos de flete, las vías de comunicación son asfaltadas y esta ubicada en una zona de bastante afluencia turística y comercial

Colinda, Al norte con Santa Lucía Milpas Altas (Sacatepéquez); al este con Villa Nueva (Guatemala); al sur con Santa María de Jesús (Sacatepéquez); y al oeste con la Antigua Guatemala (Sacatepéquez).