El 21 de noviembre de 1882 el ejecutivo trasladó a Flores la feria establecida para la libertad, los días 15,16 y 17 de noviembre de cada año. El acuerdo del 4 de noviembre de 1936 elevó dicha feria a categoría departamental, que se celebra en Flores. La fiesta religiosa y patronal considerada también como departamental, del Santo Cristo Negro de Esquipulas, se celebra por lo general en Flores del 6 al 15 de enero, siendo este último el día principal del Señor de Esquipulas.
Origen etimológico:
En el número 58 de la Gaceta de Guatemala correspondiente al 28 de septiembre de 1867, el Presbítero Manuel S. González, después de residir poco más de dos años en el Petén, publicó sus memorias sobre este departamento, de lo que se extracta lo relacionado con Flores. Contiene valiosos datos inclusive de poblados hoy en día extinguidos o que han cambiado de nombre y categoría: "Petén Itzá no pasaba de ser un presidio aprovechando su distancia y la seguridad que presta la isla, a donde para construir sus edificios; de primer orden se mandaban solo presidiarios y reos de delitos comunes, esto sucedió en todo el tiempo del gobierno español hasta que a la isla se le concedió el título de ciudad y se suprimió el envío de reos, figurando ya como uno de los distritos de la República y declarándose después como se ha dicho, departamento con todos sus fueros y prerrogativas. Al Presidio de los Remedios se le dio el título de Ciudad de Flores, en Decreto del 2 de mayo de 1831, en memoria del Vice Jefe don Cirilo Flores, muerto en Quetzaltenango a consecuencia de un tumulto popular.
Por acuerdo gubernativo del 7 de febrero de 1880 Flores dejo de ser cabecera del departamento: "Tomando en consideración que la cabecera del departamento del Petén, por encontrarse la ciudad de Flores en una pequeña isla del lago del mismo nombre, no ha podido ensancharse y se comunica con dificultad con las otras poblaciones de esta jurisdicción, y que el pueblo Sacluc, no solo se halla situado en mejores condiciones climatéricas y de localidad, sino que de allí se han mandado a construir edificios para las autoridades de que carece flores. El Presidente de la República acuerda: Que traslade la cabecera del departamento a Sacluc, que en lo sucesivo llevará el nombre de la Libertad. - Comuníquese".
En vista de que La Libertad no reunía las condiciones necesarias para seguir siendo la cabecera del Petén, por disposición del Ejecutivo del 24 de octubre de 1882 volvió la cabecera a Flores.
El acuerdo gubernativo del 18 de agosto de 1883 concedió a la municipalidad seis caballerías del baldío conocido como Península de San Miguel; el del 25 de noviembre de 1913 adjudicó a la municipalidad un baldío de cuatro caballerías, y fracción de la Península de San Miguel. El acuerdo del ejecutivo del 27 de agosto de 1880 dispuso que se adjudicaran baldíos para formar haciendas de ganado al norte de la ciudad de flores.
El acuerdo gubernativo del 11 de diciembre de 1929 distribuyó gratuitamente los lotes en que se dividió el terreno que iba a ocupar la nueva población, que conocía como Pueblo Nuevo, aldea que por disposición del Ejecutivo del 31 de junio de 1946 cambió su nombre al actual de Santa Elena.
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