La Geografia del municipio es banada por nueve rios de pequeno y regular caudal: Rosario, Sequivilla, Talticu, Zapote, Talismop, Mopa, Talpo, Chopa, Pacaya. Los que en su mayoria nacen al Norte en municipios vecinos. Ademas existen pequenas corrientes llamadas riachuelos que constituyen parte de los recursos hidricos que irrigan el municipio.

Flores Costa Cuca, es uno de los 331 Municipios que conforman la Republica de Guatemala. Administrativamente se localiza en la Region VI que integran los siguientes departamentos:

San Marcos
Quetzaltenango
Totonicapan
Solola
Retalhuleu
Suchitepequez

Geograficamente el municipio se localiza en el departamento de Quetzaltenango el cual esta conformado por 24 municipios y se constituye en el 22avo municipio del departamento.

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*En proceso de fraccionamiento para dar paso a nuevas Lotificaciones

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El territorio municipal cuenta en la actualidad con mas de 60 Centros poblados en un area superficial de 63 Kilometros Cuadrados, centros poblados que se dividen en diferentes categorias Una Cabecera Municipal con categoria de pueblo, 9 Aldeas, 6 Caserios, 23 Fincas, 5 Haciendas, varias labores, colonias, lotificaciones y sectores.

La cabecera municipal ubicada al Noreste del territorio tiene categoria de pueblo y aqui se asientan las principales instituciones y servicios con jurisdiccion en el municipio, el area urbana no cuenta con nomenclatura y en su parte central y hacia el norte es centro de tipo concentrado y hacia el sur de la cabecera los asentamientos son dispersos. En la cabecera municipal se localizan varias colonias(Florida, Ojo de Agua, San Francisco y la Ilusion), en la periferia sur dos caserios ( Santa Rita y Los Vasquez) asi tambien alrededor del casco urbano se situan varias fincas agricolas cuya tendencia es que se estan fraccionando para dar paso a nuevas lotificaciones (Santa Elisa, Xelaju, Santa Isabel,)

Las principales zonas de vida se localizan de la parte central hacia el norte del territorio del municipio esto obedece a que hacia el sur del territorio se ubican grandes extensiones (latifundio) en propiedad privada dedicadas a la ganaderia actividad que no requiere mayor demanda de mano de obra.

En el area rural un alto porcentaje de los centros poblados son dispersos debido a la falta de un plan de ordenamiento territorial por lo que la densidad de viviendas por Kilometro cuadrado es relativamente baja.

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