Aunque existe aceptable cobertura de Infraestructura Fisica, el problema del municipio se concentra en la calidad de la ensenanza y en las enormes carencias en las condiciones academicas que afectan al proceso educativo. Desercion Escolar, Repitencia, Poblacion Desatendida, pobre calidad educativa, que redunda en bajos niveles de formacion, analfabetismo y que conllevan generalmente a las limitadas perspectivas de desarrollo de la poblacion.

El Indice de analfabetismo en el municipio es de 37%.

De cada 100 analfabetas 83 se encuentran en el area rural y 17 en el area urbana. En lo que respecta al Analfabetismo por genero 61% de los analfabetas del municipio son mujeres y un 39% hombres. Lo que evidencia el grado de exclusion por diversos patrones y causas del proceso educativo de la poblacion femenina por un lado y rural por otro.

En el municipio funciona desde hace varios anos una Coordinadora de Alfabetizacion CONALFA, con varios centros de alfabetizacion sin embargo a traves de los anos los resultados no han sido satisfactorios, porque no se cuenta con objetivos concretos y su labor se limita a que las personas sepan escribir su nombre y firma lo que repercute e incide en los elevados indices de analfabetismo funcional.

Al analfabetismo como limitante para el desarrollo de la poblacion se suman los bajos niveles educativos de la poblacion del municipio, 38% de los habitantes mayores de 7 anos no han recibido instruccion alguna, un 1% han recibido educacion Pre primaria nivel cuyo papel es importante para la adaptacion pedagogica y psicologica de los ninos a la escuela.
53% han cursado el nivel primario pero por su importancia es menester senalar que tan solo un 19% lo han hecho de manera completa (hasta sexto primaria) y un 34% de forma incompleta (solo a tercero primaria).

En lo que respecta al nivel medio 6% de la poblacion mayor de 7 anos ha cursado este nivel de los cuales un 4% lo ha hecho de manera incompleta (Basico de Primero a tercero) y un pobre 2% ha culminado los estudios en este nivel (profesionales).

Un 0.19% de la poblacion posee estudios universitarios con el agravante que de ellos tan solo un 0.02% educacion universitaria completa y 0.17% educacion incompleta.

Estos indicadores de Analfabetismo y Bajos niveles educativos de la poblacion del municipio tienen sus origenes en varias causas: Economicas, Culturales y Sociales.

Ya dentro del proceso educativo en la actualidad resulta preocupante las condiciones que se dan en la Educacion del municipio. Poblacion Desatendida 25%, Repitencia escolar 17% y un 12% de desercion anual.

En Flores Costa Cuca se atienden los niveles Pre Primario, Primario y Medio en sus dos ciclos Basico y Diversificado. En lo que concierne al nivel Primario funcionan 19 establecimientos

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En el nivel Preprimario (Parvulos) funcionan 9 establecimientos 2 de los cuales funcionan en el area urbana uno de los establecimientos de parvulos que funcionan en la cabecera municipal se convierte en el unico que cuenta con infraestructura propia, 7 mas funcionan en forma "anexa" a escuelas primarias en el area rural, es decir no cuentan con la infraestructura ni con el espacio adecuado para ninos de esa edad. En la actualidad aun no existe cobertura de todos los centros poblados, situacion que resulta perjudicial para el desarrollo y la estimulacion temprana etapa fundamental en la adaptacion de los ninos al proceso de ensenanza aprendizaje.

En lo que concierne al Nivel Primario existe cobertura del 100% de los lugares poblados de educacion publica (Cabecera, Aldeas, caserios).
Los principales problemas que enfrenta este nivel es la falta de Infraestructura, material didactico, mobiliario y actualizacion docente.

En el nivel Medio especificamente en Ciclo Basico funcionan tres establecimientos bajo es sistema de Cooperativas de ensenanza, de estos establecimientos dos son de reciente creacion solo uno viene funcionando desde hace 25 anos, tan solo el ubicado en la cabecera municipal cuenta con infraestructura propia. Dos establecimientos se ubican en aldeas consideradas centros eje (El Manantial y Villa Hermosa). Ambos establecimientos funcionan en jornadas vespertina. La problematica de esta ciclo se centra en la falta de cobertura, infraestructura, mobiliario y la deficiente calidad de la ensenanza.

Dentro del Nivel medio pero referente al Ciclo Diversifico, en el municipio funcionan dos colegios de caracter privado, uno con la carrera de Magisterio y que viene funcionando desde hace 25 anos y el de reciente creacion con carreras comerciales, ambos localizados en la cabecera municipal. Ambos establecimientos no ofrecen mayor oferta de carreras lo cual limita el horizonte de la poblacion con aspiraciones a instruirse profesionalmente en areas tecnicas.

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